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MEGA进化树是来自国外的一款操作便捷，功能强大的分子进化遗传分析软件，软件功能齐全，界面简单直观，新版本带来了更多的功能和改善，增加了了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件，并且重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。
【功能特点】
1、【序列分析】
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
2、【统计方法】
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
3、【强大的视觉工具】
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
【使用教程】
1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。
2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。
3、打开刚刚保存下来的fasta序列。
4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。
5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。
6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood，最大似然法、Neighbor-Joining，邻接法和Minimum-Evolution，最小进化法方法，在此选择选择Neighbor-Joining，邻接法建树。
7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。
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